زگیل آلت تناسلی می توانند از چند هفته تا چند ماه بعد از تماس با فرد آلوده ایجاد شوند. عامل ایجاد کننده ویروسی به نام ویروس پاپیلومای انسانی است که به نظر می رسد در ایجاد برخی بدخیمی ها نیز نقش دارد. این ویروس مشابه با ویروس ایجاد کننده زگیل معمولی است ولی در مقایسه با آن از قدرت انتقال بیشتری برخوردار است. ضایعات بیشتر در نواحی مرطوب ایجاد می شوند.
